Department of Fundamental Microbiology

Publications | Phd and Masters theses

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Masterthesis

3 Publications

2015
Phages anti-Pseudomonas aeruginosa pour le traitement des plaies brûlées infectées. Evaluation in vitro et résultats préliminaires de la mise au point d'un modèle ex vivo.
AL-DOUROBI K., 2015. 29, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, QUE Y.-A. (dir.).
[URN][serval:BIB_5EE7C27A1A6C]
2014
Caractéristiques épidémiologiques, cliniques et diagnostiques de cas d'encéphalites à tique chez des patients précédemment vaccinés en Suisse
CRISINEL M., 2014. 22, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, MEYLAN P. (dir.).
[URN][serval:BIB_976FDB34002D]
Cloning of bacteriophage lysins and evaluation of their antibacterial activity against Enterococcus faecalis
STRITT K., 2014. 28, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, MOREILLON P. (dir.).
[URN][serval:BIB_2DB67075AB75]

Phd theses

53 Publications

2024
 
The role of viral particles in the interbacterial competitiveness of plant-beneficial Pseudomonas
Heiman Clara, 2024/02/05., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Keel Christoph (dir.).
[URN][serval:BIB_525E48EA2D62]
 
Epigenetic regulation in Agrobacterium tumefaciens
Martin Sandra, 2024/01/12., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Collier Justine (dir.).
[URN][serval:BIB_D12C8D113426]
2023
 
Inference through interference: bacterial fitness landscapes by CRISPRi-seq
de Bakker Vincent, 2023/12/11., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Veening Jan-Willem (dir.).
[URN][serval:BIB_7EDC3C2C9029]
A systems biology approach to bacterial gene essentiality
Martins Bravo Afonso, 2023/10/06., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Veening Jan-Willem (dir.).
[URN][serval:BIB_5547E108E640]
 
Genomic differences in gut microbiota composition between nurses and foragers of the honeybee Apis mellifera
Baud Gilles, 2023/06/26., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Engel Philipp (dir.).
[serval:BIB_364E28990D8D]
 
Taxonomic and functional diversity of Swiss cheese starter cultures
Somerville Vincent, 2023/01/10., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Engel Philipp (dir.).
[serval:BIB_014DCD5701D2]
 
Impact of methylated adenines in the genome of the Caulobacter Alphaproteobacterium
CASINI Laurent, 2023., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Collier Justine (dir.).
[serval:BIB_CAFDEC5CE0CB]
 
Multi-Partite Metabolic Interactions in The Honey Bee Gut Microbiota Between The Symbionts Snodgrassella and Gilliamella and Their Host
El Chazli Yassine, 2023., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Engel Philipp (dir.).
[serval:BIB_3F59D129E8A7]
2022
Two design frameworks for optimizing microbial community functions
Shibasaki Shota, 2022/07/26., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Mitri Sara (dir.).
[URN][serval:BIB_BBAE9A5D70E9]
Regulation of actin assembly for the formation of the fusion focus in fission yeast
Billault-Chaumartin Ingrid, 2022/03/04., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Martin Sophie (dir.).
[URN][serval:BIB_DCA360AEEEF8]
 
Synthetic gene regulatory networks for pattern formation
Barbier Içvara, 2022., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Schaerli Yolanda (dir.).
[URN][serval:BIB_38BCCE1D6958]
Ecological dynamics of a synthetic bacterial community growing in a gradient of nutrients and toxicity
DI MARTINO Rita, 2022., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Mitri Sara (dir.).
[URN][serval:BIB_104C862F01EA]
 
Drivers and consequences of amoxicillin resistance in the opportunistic human pathogen Streptococcus pneumoniae
Gibson Paddy Susanne, 2022., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Veening Jan-Willem (dir.).
[URN][serval:BIB_D428B0D38196]
 
Experimental evolution of a duplicated dual-color-emitting fluorescent protein
Mihajlović Ljiljana, 2022., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Schaerli Yolanda (dir.).
[serval:BIB_A1E27CF77561]
2021
Environmental activity of the inoculant Pseudomonas veronii 1YdBTEX2 during bioaugmentation in natural and polluted soils
Morales-Otero Marian, 2021/08/04., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, van der Meer Jan (dir.).
[URN][serval:BIB_4151C844762F]
Harnessing CRISPR-Cas9 for use in the opportunistic human pathogen Streptococcus pneumoniae
Synefiaridou Dimitra, 2021/03/19., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Veening Jan-Willem (dir.).
[URN][serval:BIB_B23C3169CE8F]
 
Genetic determinants underlying the colonization of Frischella perrara in the honey bee gut
Schmidt Konstantin, 2021/01/17., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Engel Philipp (dir.).
[serval:BIB_158FE1740064]
SMC and SMC-like proteins in genome folding and maintenance in Bacillus subtilis
Anchimiuk Anna, 2021., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Gruber Stephan (dir.).
[URN][serval:BIB_BE570D550B30]
 
Chromosome organization by Smc and ParABS in Bacillus subtilis
Bock Florian Patrick, 2021., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Gruber Stephan (dir.).
[URN][serval:BIB_11EAA5A91B09]
Mechanisms underlying the evolution and coexistence of closely related gut bacteria in the honey bee, Apis mellifera
BROCHET Silvia, 2021., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Engel Philipp (dir.).
[URN][serval:BIB_629178A23ED0]
 
SociaI interactions within a synthetic microbial community
PICCARDI Philippe, 2021., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Mitri Sara (dir.).
[serval:BIB_C847D8E9D758]
2020
 
DNA MISMATCH AND VERY SMALL PATCH REPAIR IN CAULOBACTER CRESCENTUS
CHAI Tiancong, 2020., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Collier Justine (dir.).
[serval:BIB_8D9058AF0C4E]
 
Characterization of the epitranscriptomic landscape of HIV-infected cells
CRISTINELLI Sara, 2020., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, CIUFFI Angela (dir.).
[serval:BIB_407BFDD102D4]
 
Study of Cdc42 positive feedback regulation and polarized growth in S. pombe by optogenetics
Lamas Herrera Iker, 2020., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Martin Sophie G. (dir.).
[serval:BIB_ED5F5DC1DFD2]
Changing the ligand-binding specificity of E. coli periplasmic binding protein RbsB by rational design and screening
TAVARES Diogo, 2020., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, VAN DER MEER Jan Roelof (dir.).
[URN][serval:BIB_F6204BD64773]
 
DNA binding and dynamic architecture of bacterial condensin
VAZQUEZ NUNEZ Roberto Jareth, 2020., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Gruber Stephan (dir.).
[serval:BIB_6AEB02B45199]
 
Assessing chemical biodegradability through rapid detection of microbial community changes
Özel Duygan Birge Didem, 2020., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Van der Meer Jan Roelof (dir.).
[serval:BIB_6FF1A761CE63]
2019
Interactions between the gut symbiont Frischella perrara and its host the honey bee (Apis mellifera)
Emery Olivier, 2019/07/16., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Engel Philipp (dir.).
[URN][serval:BIB_06E4E8E84D5E]
Study of DNA repair and recombination mechanisms in Chinese hamster ovary cells
Bosshard Sandra, 2019/05., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Mermod Nicolas (dir.).
[URN][serval:BIB_20FC452BD829]
 
PROBING THE SOIL MICROBIAL INTERACTOME
DUBEY Manupriyam, 2019., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, van der Meer Jan Roelof (dir.).
[serval:BIB_2EE65D2A5A87]
 
TOWARDS FUNCTIONAL UNDERSTANDING OF THE HONEY BEE GUT MICROBIOTA
KESNEROVA Lucie, 2019., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Engel Philipp (dir.).
[URN][serval:BIB_04EA9E96A809]
Single-cell analysis of osmostress genes transcription
Wosika-Witz Victoria, 2019., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Pelet Serge (dir.).
[URN][serval:BIB_9CA10CB4F6E4]
2018
Regulation of transcription dynamics in single cells
Aymoz Delphine, 2018/01/18. 236, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Pelet Serge (dir.).
[URN][serval:BIB_722D3D16077B]
2017
DYNAMIC SINGLE CELL MEASUREMENTS OF SIGNALLING CASCADE ACTIVITY
Durandau Eric, 2017/10/06., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Pelet Serge (dir.).
[URN][serval:BIB_BD5011C1A48E]
2015
Molecular basis and regulation of insect pathogenicity in plant-beneficial pseudomonads
Kupferschmied P., 2015/09., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Keel C. (dir.).
[URN][serval:BIB_FB118BB07158]
The role of MAR elements in DNA recombination
Kostyrko K., 2015/08. 210, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Mermod N. (dir.).
[URN][serval:BIB_533BFE2E0864]
2009
On the use of reporter bacteria for measuring availability of organic contaminants
Tecon R., 2009/04. 179, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, van der Meer J. R. (dir.).
[URN][serval:BIB_144C279A288C]
2008
Analyse des modifications de la chromatine impliquées dans l'effet barrière de CTF1 aux télomères humains
Esnault Germain, 2008. 106, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Mermod Nicolas (dir.).
[URN][serval:BIB_CEA71D5DBA04]
2007
 
Architectural features of bacterial genomes and their applications
Guy L., 2007. 235, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Moreillon P. (dir.).
[serval:BIB_E8102DC60CAF]
 
Identification and quantification techniques in mass spectrometry-based proteomics
Panchaud A., 2007. 258, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Moreillon P. (dir.).
[serval:BIB_865BBBFC97E0]
2006
Prospective determination of imipenem concentration of the plasma of critically-ill children
Giannoni E., 2006. 21, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Moreillon P. (dir.).
[URN][serval:BIB_A9F833DEAECB]
 
Role of penicillin-binding proteins in Streptococcus gordonii
Haenni M., 2006. 153, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Moreillon P. (dir.).
[serval:BIB_1079323162EF]
 
Role of Staphylococcus aureus surface proteins in experimental endocarditis
Widmer E., 2006. 133, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Moreillon P. (dir.).
[serval:BIB_D16B6BF9E390]
2005
 
Use of fluorescent proteins to monitor the regulation of antifungal activity in root-associated Pseudomonas fluorescens CHA0
Baehler E., 2005. 189, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Keel C. (dir.).
[serval:BIB_43346]
 
Cell-cell communication in the biocontrol strain Pseudomonas fluorescens CHA0
Dubuis C., 2005. 99, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Haas D. (dir.).
[serval:BIB_43347]
 
Methicillin-resistant Staphylococcus aureus resensitization by protein synthesis inhibitors : proposal for a mechanism
Guignard B., 2005. 164, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Moreillon P. (dir.).
[serval:BIB_43348]
 
Pyochelin-mediated signalling in Pseudomonas aeruginosa
Michel L., 2005. 119, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Haas D. (dir.).
[serval:BIB_43349]
2004
 
Role of the Bacillus subtilis W23 stress response extracytoplasmic function sigma factor σM in two essential processes - teichoic acid biosynthesis and cell division
Minnig K., 2004. 143, Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine, Mauël C. (dir.).
[serval:BIB_43343]
2003
 
Regulation of 2,4-diacetylphloroglucinol biosynthetic gene expression in Pseudomonas fluorescens CHA0.
Gigot-Bonnefoy C., 2003., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine.
[serval:BIB_43339]
 
New regulatory elements in the quorum sensing network of Pseudomonas aeruginosa PAO1.
Heurlier K., 2003., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine.
[serval:BIB_43340]
 
Antibiotic-dependent correlation between drug-induced killing and loss of luminescence in Streptococcus gordinii expressing luciferase
Loeliger Barbara, 2003. 11, Université de Lausanne, Faculté de médecine, Caldelari Isabelle, Bizzini Alain, Stutzmann Meier P, Majcherczyk Paul, Moreillon Philippe (dir.).
[URN][serval:BIB_3BC330D73EF3]
 
Post-transcriptional regulation of the hydrogen cyanide biosynthetic genes hcnABC in Pseudomonas fluorescens CHA0.
Starke K., 2003., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine.
[serval:BIB_43342]
2002
 
Salicylate biosynthesis in Pseudomonas aeruginosa PAO1.
Gaille C, 2002., Université de Lausanne, Faculté de biologie et médecine.
[serval:BIB_43338]
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