Institut universitaire de microbiologie

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Axes de recherche

Prise en charge des patients transplantés

Diverses infections virales représentent les causes majeures de morbidité chez les patients transplantés. Des protocoles visant à intégrer les mesures de surveillance microbiologique avec des approches prophylactiques ou thérapeutiques sont développés concernant les virus les plus importants (CMV, EBV) en collaboration avec la Division des Maladies Infectieuses et le Centre de Transplantation d'Organe (CTO). Dans le cadre du projet de l’Etude Suisse de Cohorte de Transplantation, cette activité devrait prendre une dimension nationale (P. Meylan)

Développement de vaccins contre les infections par HPV et les cancers de l’utérus

Le cancer du col de l’utérus est la deuxième cause de mortalité par cancer chez la femme dans le monde. Pratiquement toutes ces tumeurs sont attribuées à une infection par certains types de papillomavirus humains (HPV), dont HPV16 est le plus fréquent. Notre groupe de recherche est impliqué dans le développement de vaccins prophylactiques et thérapeutiques pour prévenir et traiter les infections par HPV16 ainsi que les lésions malignes de la muqueuse génitale qui y sont associées. Nous nous intéressons principalement à des stratégies vaccinales capables d’induire des réponses immunitaires dans les muqueuses génitales et plus particulièrement nous développons des vaccins vivants avec des Salmonella atténuées. Nos projets incluent des études pré-cliniques chez la souris ainsi que des études cliniques chez des volontaires ou des patients (D. Nardelli Haefliger, Département de Gynécologie)

Recherche et développement en diagnostic moléculaire

Le diagnostic moléculaire des infections prend de plus en plus d’importance en clinique et en épidémiologie. Nous mettons au point des méthodes moléculaires basées sur la PCR pour l’ensemble du spectre des infections microbiologiques. Le choix des méthodes et des cibles prend en compte l’automatisation possible des analyses dans la plateforme de biologie moléculaire, et bien sûr la pertinence clinique des analyses (R. Sahli, K. Jaton, P. Hauser, G. Greub, P. Meylan, A. Telenti, J. Bille)

Champignon pathogène Pneumocystis carinii

Pneumocystis carinii est un champignon microscopique provoquant de graves pneumonies chez les patients immuno-déprimés (transplantation, leucémie, SIDA, etc.). L'utilisation d'antifolates pour la prophylaxie et le traitement de cette infection est corrélée à l'apparition de mutations dans les gènes cibles de ces médicaments. Nous étudions la résistance conférée par ces mutations ainsi que les mécanismes de résistance chez des souches isolées à partir de patients. Nous étudions également l'épidémiologie moléculaire de ce pathogène. Afin d'améliorer les mesures pour prévenir l'infection chez les patients à haut risque, nous recherchons les sources de l'infection (P. Hauser)

Plate-forme de biologie moléculaire

Mise en place d’une plate-forme pour le diagnostic microbiologique moléculaire et la recherche fondamentale, utilisant une chaîne automatisée pour la PCR en temps réel et l’analyse de séquençes. Elle permet la réalisation d’études validant l’utilité clinique et économique de méthodes de diagnostic moléculaire de certaines pathologies comme la méningite ou la septicémie. Cette plate-forme permet également l’analyse à haut rendement de la susceptibilité génétique de patients vis-à-vis de certaines maladies infectieuses (R. Sahli. K. Jaton, P. Meylan, J. Bille, A. Telenti)

Pharmacogénétique des agents antiretroviraux

Etude des les réponses individuelles à la thérapie anti-HIV. L’étude cible les gènes du métabolisme et transport des médicaments, polymorphismes génétiques, méthodes de détermination du phénotype et du génotype, et les applications cliniques de la pharmacogénétique dans le domaine VIH (A. Telenti)

Parachlamydia et autres bactéries associées aux amibes

Etude des relations entre les amibes libres, qui sont largement répandues dans l’eau et leurs hôtes. Un accent particulier est mis dans l’étude des interactions de Parachlamydia acanthamoebae avec diverses cellules eucaryotes, dont les macrophages. Le rôle joué en pathologie humaine par ces bactéries intracellulaires obligatoires apparentées aux Chlamydia est également investigué (G. Greub)

Compétences

Méthodes de génétique moléculaire

Culture de cellules

Tests immunologiques

Tests antifongiques - tests de virulences sur modèles animaux

Tests antiviraux

Développements de méthodes moléculaires en diagnostic virologique

Tests de diagnostics microbiologiques moléculaires

Biologie cellulaire

Culture d'amibes

PCR en temps réel

Automatisation de méthodes moléculaires

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